{"id":79188,"date":"2020-04-02T09:12:59","date_gmt":"2020-04-02T09:12:59","guid":{"rendered":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/2020\/04\/02\/origines-du-virus\/"},"modified":"2020-04-02T09:12:59","modified_gmt":"2020-04-02T09:12:59","slug":"origines-du-virus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/2020\/04\/02\/origines-du-virus\/","title":{"rendered":"Origine(s) du virus"},"content":{"rendered":"<p><h2 class=\"titleset_b.deepgreen\" style=\"color:#75714d; font-size:1.65em; font-variant:small-caps\">Origine(s) du virus<\/h2>\n<\/p>\n<p><p>D\u00e8s les premi\u00e8res <a href=\"http:\/\/virological.org\/#http:\/\/virological.org\"> publications<\/a> du g\u00e9nome  <a href=\"https:\/\/www.gisaid.org\/#https:\/\/www.gisaid.org\">complet<\/a> du Sars-Cov-19, de nombreux travaux ont fait progresser la compr\u00e9hension de son origine probable. Les chauves-souris sont connues pour \u00eatre le r\u00e9servoir d&rsquo;un large \u00e9ventail de coronavirus. Les \u00e9chantillons viraux pr\u00e9lev\u00e9s chez ces mammif\u00e8res dans diverses provinces de Chine lui ont \u00e9t\u00e9 compar\u00e9s. Tous les sites possibles de leur habitat n&rsquo;ont pas \u00e9t\u00e9 explor\u00e9s exhaustivement. Des biologistes des zoonoses, certaines \u00e9quipes \u00e9taient am\u00e9ricaines,  avaient sillonn\u00e9 les campagnes, install\u00e9 des laboratoires pr\u00e8s de cavernes pour rep\u00e9rer les zones o&ugrave; les chauves-souris \u00e9taient porteuses de virus proches g\u00e9n\u00e9tiquement du Sars-Cov de 2003. (*)<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Le  coronavirus le plus proche du SARS-cov-2, a \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9 dans une r\u00e9gion distante de 1500 km du foyer \u00e9pid\u00e9mique de 2019.  <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/32015507#https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/32015507\">Il porte<\/a> le nom de RaTG13 et avait \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9 en 2013. Confront\u00e9 au SarCov2, il s&rsquo;est av\u00e9r\u00e9 qu&rsquo;il pr\u00e9sente une analogie de s\u00e9quences de 96 \u00e0 97% avec lui. Wuhan n&rsquo;est par ailleurs pas un habitat habituel pour les chauves-souris. <\/p>\n<\/p>\n<p><p>La distance \u00e9cologique entre l&rsquo;homme et le r\u00e9servoir viral des chauves-souris a impos\u00e9 l&rsquo;hypoth\u00e8se d&rsquo;un h\u00f4te qui serait un amplificateur et\/ou un lieu interm\u00e9diaire o&ugrave; des modifications g\u00e9n\u00e9tiques auraient adapt\u00e9 le virus pour son passage vers l&rsquo;esp\u00e8ce humaine. La civette avait \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9e pour Sars-Cov de 2003, pour Mers-Cov de 2012, ce fut le chameau.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Le virus trouv\u00e9 chez le  <a href=\"https:\/\/www.cell.com\/current-biology\/fulltext\/S0960-9822(20)30360-2#https:\/\/www.cell.com\/current-biology\/fulltext\/S0960-9822(20)30360-2\">pangolin<\/a> malais, provenant d&rsquo;un trafic ill\u00e9gal d&rsquo;animaux prot\u00e9g\u00e9s, poss\u00e8de avec le Sars-Cov-2 une s\u00e9quence tr\u00e8s proche pour le domaine (RBD) qui permet la liaison avec les r\u00e9cepteurs cellulaires de l&rsquo;h\u00f4te mais il est assez divergent sur le reste du g\u00e9nome. <\/p>\n<\/p>\n<p><p>Ce constat sugg\u00e8re que le Sars-cov-2 a pu r\u00e9sulter d&rsquo;une hybridation ou recombinaison entre deux virus distincts car cette modalit\u00e9 \u00e9volutive a d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 constat\u00e9e parmi les coronavirus chez la chauve-souris. Ce mammif\u00e8re volant s&rsquo;est transform\u00e9 en incubateur de transformations g\u00e9n\u00e9tiques d&rsquo;un parasite que son syst\u00e8me immunitaire neutralise. L&rsquo;autre possibilit\u00e9 est que le virus ait \u00e9volu\u00e9 longtemps chez l&rsquo;h\u00f4te interm\u00e9diaire ou chez l&rsquo;homme de mani\u00e8re silencieuse ou en produisant des atteintes b\u00e9nignes des voies a\u00e9riennes sup\u00e9rieures.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Les autorit\u00e9s sanitaires chinoises ont d\u00e9clar\u00e9 n&rsquo;avoir pas trouv\u00e9 le virus de 2019 chez les animaux sauvages vendus dans le march\u00e9 de Wuhan (Lesquels ? Tous ?). Ils l&rsquo;ont cependant trouv\u00e9 sur les \u00e9tals et les caniveaux du march\u00e9. Tous les premiers cas de pneumonie n&rsquo;avaient pas de lien avec ce march\u00e9 ni entre eux. C&rsquo;est pourquoi on a pu supposer que les quarante et un patients du d\u00e9but n&rsquo;\u00e9taient pas les premiers et que le virus a du circuler chez l&rsquo;homme bien avant le mois de d\u00e9cembre 2019.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Certains cas z\u00e9ro parfaitement identifi\u00e9s en Italie et en Cor\u00e9e du Sud sans aucun lien avec le foyer de Wuhan posent encore des questions quant au mode de circulation du virus.<\/p>\n<\/p>\n<p><h3 class=\"subtitleset_c.deepgreen\" style=\"color:#75714d; font-size:1.25em\">Conservation des domaines cl\u00e9s<\/h3>\n<\/p>\n<p><p>L&rsquo;\u00e9volution sur une longue p\u00e9riode cryptique  du virus lui aurait permis au hasard de ses mutations d&rsquo;acqu\u00e9rir les mutations qui l&rsquo;ont rendu pathog\u00e8ne et si ais\u00e9ment transmissible pour l&rsquo;homme.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Les deux sites de ces mutations cl\u00e9s concernent la partie de l&rsquo;enveloppe virale qui permet l&rsquo;attachement du virus \u00e0 la cellule \u00e0 parasiter et  <a href=\"https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/32057769#https:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/32057769\">une r\u00e9gion de ce domaine<\/a> o&ugrave; va pouvoir agir une enzyme de l&rsquo;h\u00f4te (la furine) et rendre possible la p\u00e9n\u00e9tration. <\/p>\n<\/p>\n<p><p>Les principales recherches en mati\u00e8re th\u00e9rapeutique et vaccinale visent pr\u00e9cis\u00e9ment ces zones-l\u00e0.  <a href=\"https:\/\/www.medrxiv.org\/content\/10.1101\/2020.03.20.20039586v1#https:\/\/www.medrxiv.org\/content\/10.1101\/2020.03.20.20039586v1\">Bloquer<\/a> l&rsquo;attachement et bloquer l&rsquo;action de la furine pour emp\u00eacher la p\u00e9n\u00e9tration.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>En rep\u00e9rant les mutations, les \u00e9pid\u00e9miologistes  <a href=\"https:\/\/nextstrain.org\/narratives\/ncov\/sit-rep\/fr\/2020-03-27?n=1#https:\/\/nextstrain.org\/narratives\/ncov\/sit-rep\/fr\/2020-03-27?n=1\">tentent de comprendre<\/a> les circuits et la vitesse de propagation des souches. Comme tous les virus \u00e0 ARN, Sars-Cov-2 mute avec une fr\u00e9quence \u00e9lev\u00e9e de sorte qu&rsquo;au fur et \u00e0 mesure de l&rsquo;expansion de l&rsquo;\u00e9pid\u00e9mie la syst\u00e9matisation du suivi des ph\u00e9notypes devient difficile. Ces variantes sont toutes pathog\u00e8nes de fa\u00e7on \u00e9quivalente en raison de la forte conservation des zones impliqu\u00e9es dans l&rsquo;invasion virale.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Le Sars-Cov est un gros virus \u00e9quip\u00e9 d&rsquo;une enzyme capable de relecture du code en train d&rsquo;\u00eatre reproduit et donc les erreurs de transcription, toujours nombreuses quand une vitesse de r\u00e9plication est grande, sont au fur et \u00e0 mesure corrig\u00e9es.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Cette stabilit\u00e9 pr\u00e9sente un avantage. Elle permettra de mettre au point un vaccin assez rapidement universalisable pour \u00e9radiquer le Sars-Cov-2. Nous ne sommes pas dans la situation du virus Influenza qui oblige du fait de sa tr\u00e8s haute variabilit\u00e9 ph\u00e9notypique de mettre au point un nouveau vaccin chaque ann\u00e9e adapt\u00e9 \u00e0 la souche \u00e9mergente. On ignore encore \u00e0 ce jour si une vaccination anti-Sars-Cov-2 pourra conf\u00e9rer une immunit\u00e9 durable comme celle, solide, assur\u00e9e  pour des d\u00e9cennies par le vaccin contre la rougeole.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Elle pr\u00e9sente aussi un gros inconv\u00e9nient. <\/p>\n<\/p>\n<p><p>La virulence et la haute transmissibilit\u00e9 du virus ne vont pas varier au point de le faire dispara&icirc;tre au cours de l&rsquo;\u00e9pid\u00e9mie en raison d&rsquo;une conversion mutationnelle. Les diff\u00e9rences de l\u00e9talit\u00e9 observ\u00e9es entre les zones g\u00e9ographiques du monde sont li\u00e9es aux m\u00e9thodes diagnostiques, plus ou moins sensibles, \u00e0 leur usage extensif ou limit\u00e9 et au mode de prise en charges des personnes infect\u00e9es et\/ou malades, ainsi qu&rsquo;aux caract\u00e9ristiques g\u00e9n\u00e9tiques et socio-culturelles des populations. L&rsquo;expression individuelle de la maladie, comme pour toute autre pathog\u00e8ne, est bien s&ucirc;r fonction du terrain immunitaire et du profil des comorbidit\u00e9s de l&rsquo;h\u00f4te. <\/p>\n<\/p>\n<p><h3 class=\"subtitleset_c.deepgreen\" style=\"color:#75714d; font-size:1.25em\">Particularit\u00e9s<\/h3>\n<\/p>\n<p><p>Etudes g\u00e9n\u00e9tiques, mod\u00e9lisations informatiques, analyse des structures en microscopie \u00e9lectronique se sont multipli\u00e9es dans le monde entier. Alli\u00e9es avec le savoir acquis gr\u00e2ce aux \u00e9pid\u00e9mies ant\u00e9rieures et aux coronavirus trouv\u00e9s chez les animaux (porcs, vaches et chat) int\u00e9ressant les v\u00e9t\u00e9rinaires dans les ann\u00e9es cinquante, elles ont permis de comprendre les particularit\u00e9s d&rsquo;un virus encore inconnu il y a 3 mois.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>L&rsquo;homme est le r\u00e9servoir naturel de 4 vari\u00e9t\u00e9s de coronavirus \u00e0 l&rsquo;origine de 20 \u00e0 30% des rhumes saisonniers. Tr\u00e8s contagieux mais tout \u00e0 fait b\u00e9nins, ils ne colonisent que le tractus respiratoire haut et n&rsquo;ont pas suscit\u00e9 une recherche \u00e9tendue. Le Sars-Cov de 2003 atteint l&rsquo;arbre respiratoire profond et cause un taux de mortalit\u00e9 de 10%. Le Mers-Cov de 2012 p\u00e9n\u00e8tre aussi tr\u00e8s vite le poumon avec un taux effroyable de mortalit\u00e9 de 37%. Le Mers-Cov a une transmission interhumaine tr\u00e8s faible.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Le Sars-Cov-2 associe la contagiosit\u00e9 des coronavirus du rhume saisonnier et l&rsquo;agressivit\u00e9 de ceux des \u00e9pid\u00e9mies de 2003 et 2012 en s&rsquo;attachant \u00e0 des r\u00e9cepteurs pr\u00e9sents dans les cellules de tissus profonds de l&rsquo;organisme, le premier expos\u00e9 \u00e9tant le  poumon. La surface d\u00e9ploy\u00e9e des 300 000 alv\u00e9oles d&rsquo;un poumon humain d\u00e9volues aux \u00e9changes gazeux repr\u00e9sente 130 m2. L&rsquo;air est filtr\u00e9, chauff\u00e9 et humidifi\u00e9 dans les fosses nasales avant d&rsquo;y parvenir. La rhinite court-circuite ce premier niveau de traitement de l&rsquo;air inhal\u00e9.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Les parties qui h\u00e9rissent l&rsquo;enveloppe du virus comme des champignons permettent &laquo; l&rsquo;abordage des cellules &raquo;. L&rsquo;affinit\u00e9 des structures mol\u00e9culaires de la t\u00eate du champignon chez le Sars-Cov-2 pour les r\u00e9cepteurs des cellules \u00e0 pirater est dix fois plus forte par rapport au Sars-Cov et au Mers-Cov. Cette force de l&rsquo;attachement explique une part l&rsquo;efficacit\u00e9 de la transmission. <\/p>\n<\/p>\n<p><p>Une fois l&rsquo;abordage accompli, la p\u00e9n\u00e9tration fait intervenir une enzyme de l&rsquo;h\u00f4te tr\u00e8s r\u00e9pandue dans tous ses tissus. Cette enzyme humaine est mise \u00e0 contribution pour &lsquo;couper&rsquo; la t\u00eate du champignon qui est la zone de contact. La tige du champignon fusionne alors avec la membrane de la cellule h\u00f4te et le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique du virus p\u00e9n\u00e8tre. Ni Sars-Cov ni Mers-Cov ne dispose  de cette strat\u00e9gie de d\u00e9tournement tr\u00e8s efficace  qui majore l&rsquo;aptitude infectieuse du Sars-Cov-2.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Deux autres autres caract\u00e9ristiques facilitent la haute contagiosit\u00e9 de ce virus. La premi\u00e8re revient \u00e0 sa grande stabilit\u00e9, sa multiplication tr\u00e8s rapide se fait sans erreur et ne produit que tr\u00e8s peu de copies de particules d\u00e9faillantes et non infectantes. L&rsquo;enzyme de relecture permet un plein rendement et sont g\u00e9n\u00e9r\u00e9es des masses de virus tous infectants.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>L&rsquo;autre ruse de cet agent pathog\u00e8ne concerne l&rsquo;excr\u00e9tion virale tr\u00e8s intense par les postillons et l&rsquo;haleine dans une p\u00e9riode silencieuse cliniquement, au tout d\u00e9but de la contagion.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>C&rsquo;est bien pourquoi le port du masque doit \u00eatre g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9 dans des conditions qui en font un vrai geste barri\u00e8re. Il faut qu&rsquo;il soit ultra-filtrant au moins autant qu&rsquo;un masque chirurgical, qu&rsquo;il ne baille pas, qu&rsquo;il reste sec et pr\u00e9serv\u00e9 de la contamination par les doigts et \u00e9vitant d&rsquo;y toucher.<\/p>\n<\/p>\n<p><h3 class=\"subtitleset_c.deepgreen\" style=\"color:#75714d; font-size:1.25em\">La furtivit\u00e9 de l&rsquo;avion furtif<\/h3>\n<\/p>\n<p><p>Le Sars-Cov-2 est une machinerie trop complexe et trop sophistiqu\u00e9e pour avoir pu \u00eatre cr\u00e9\u00e9e par des chercheurs malfaisants ou insouciants des r\u00e9sultats de leur travail cr\u00e9ateur. La recherche publique (et m\u00eame secr\u00e8te des Etats les plus pervers) n&rsquo;est pas parvenue \u00e0 produire ce type de savoir-faire. Il ne s&rsquo;agit pas moins de simuler une \u00e9volution de type al\u00e9atoire d&rsquo;un mat\u00e9riel g\u00e9nomique qui rende sa capacit\u00e9 infectieuse dou\u00e9e d&rsquo;une efficacit\u00e9 telle qu&rsquo;elle paralyse plus de la moiti\u00e9 de l&rsquo;humanit\u00e9 dans un confinement ou au moins un ralentissement de l&rsquo;activit\u00e9 productive qui vaudra plusieurs fois la D\u00e9pression de la fin des ann\u00e9es vingt. La recherche publique a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tourn\u00e9e depuis longtemps en vue d&rsquo;obtenir des r\u00e9sultats vite convertibles en parts de march\u00e9 et en profits. L&rsquo;arsenal d&rsquo;armes bact\u00e9riologiques classiques est assez abondant en microbes difficiles \u00e0 traiter et susceptibles de tuer des millions d&rsquo;hommes. Les Usa ne se sont pas montr\u00e9s capables de construire un avion de guerre furtif malgr\u00e9 toutes les sommes et les ann\u00e9es engag\u00e9es \u00e0 essayer de le produire. Concevoir un avion de chasse est autrement plus simple que mimer la complexit\u00e9 de la vie, f&ucirc;t-elle r\u00e9duite \u00e0 une particule dont on ne sait pas dire s&rsquo;il s&rsquo;agit vraiment d&rsquo;un \u00eatre vivant.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Son tra\u00e7age phylog\u00e9n\u00e9tique exclue \u00e9galement une intervention humaine.<\/p>\n<\/p>\n<p><p>Le v\u00e9ritable complot de l&rsquo;engeance parasite qui dirige le monde c&rsquo;est son aptitude \u00e0 transformer ses app\u00e9tits pr\u00e9dateurs illimit\u00e9s en suicide pour l&rsquo;humanit\u00e9. <\/p>\n<\/p>\n<p><h2 class=\"titleset_c.deepgreen\" style=\"color:#75714d; font-size:1.25em\">Note<\/h2>\n<\/p>\n<p><p>(*) Une certaine corr\u00e9lation a \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9e entre la localisation des foyers humains d&rsquo;o&ugrave; avait \u00e9merg\u00e9 l&rsquo;\u00e9pid\u00e9mie et celles des sites de peuplement des chauves-souris o&ugrave; la proximit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique des virus animaux avec le sars-Cov \u00e9tait la plus grande.<\/p><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Origine(s) du virus D\u00e8s les premi\u00e8res publications du g\u00e9nome complet du Sars-Cov-19, de nombreux travaux ont fait progresser la compr\u00e9hension de son origine probable. Les chauves-souris sont connues pour \u00eatre le r\u00e9servoir d&rsquo;un large \u00e9ventail de coronavirus. Les \u00e9chantillons viraux pr\u00e9lev\u00e9s chez ces mammif\u00e8res dans diverses provinces de Chine lui ont \u00e9t\u00e9 compar\u00e9s. Tous les&hellip;&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"","ping_status":"","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"neve_meta_sidebar":"","neve_meta_container":"","neve_meta_enable_content_width":"","neve_meta_content_width":0,"neve_meta_title_alignment":"","neve_meta_author_avatar":"","neve_post_elements_order":"","neve_meta_disable_header":"","neve_meta_disable_footer":"","neve_meta_disable_title":"","_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":""},"categories":[31],"tags":[3953,19686,19758,12020,6320,19689],"class_list":["post-79188","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-les-carnets-de-badia-benjelloun-1","tag-benjelloun","tag-chauve-souris","tag-codiv-19","tag-contagion","tag-pandemie","tag-wuhan"],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/79188","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=79188"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/79188\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=79188"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=79188"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/new.dedefensa.org\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=79188"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}